免疫耐受。
通俗點講，就是說身體接觸乙肝病毒，沒有像正常情況一樣做出反應去抵抗病毒。乙肝疫苗，其實就是少量的乙肝病毒，注釋入體内，就是希望能夠通過這點少量的病毒引起機體的反應，去對抗病毒。而抗體就是對抗病毒的物質。免疫耐受的人就是碰了病毒也沒有産生抵抗的物質，所以沒有抗體産生。
劑量不足。
不同人，對于乙肝病毒的反應是不一樣的，當然需要的乙肝病毒的量也是不同的。一般來說，在打了3針的乙肝疫苗之後，90%的人是會因為觸碰了乙肝病毒而産生抗體。但也有人會因為的劑量不足，使得機體不足以産生抗體。這類人，身體的免疫功能是正常的，隻是病毒的劑量需要比一般人高。
免疫力低下或者服用免疫抑制劑。
有些人的身體免疫力低下（比如說艾滋病患者），或者是在注射乙肝疫苗期間服用過免疫抑制劑，在注射疫苗後，身體不能夠根據病毒産生相應量的抗體，或者說産生的抗體含量很低，檢測的儀器根本不能檢查到，所以顯示了抗體陰性。
隐形感染者。
也有可能是你在以前的時候已經感染上了乙肝病毒，但是由于身體免疫力較強，感染的乙肝病毒含量少，身體上沒有産生明顯的乙肝症狀，檢測儀器也因為體内的病毒含量過少，而沒有監測到。所以雖然看起來是沒有感染乙肝，但是是隐形的感染者。
沒有乙肝病毒受體。
由于個人的先天因素，人體内沒有乙肝病毒的受體，使得病毒沒有給T細胞和B細胞信息。因為，身體也不會知道人體已經解除了乙肝病毒，已經感染了。所以，在這種情況下，體内的免疫系統也不能對乙肝病毒作出适當的應對措施，因為也就不會産生抗體，檢測系統也就不能檢測到。
認為是自身物質。
還有可能就是說，在注射乙肝疫苗後，人體不能有效識别乙肝病毒，身體的免疫系統認為乙肝疫苗是我們身體自身的物質，沒有産生反應去清除它。所以，入侵到人體的乙肝病毒，就不能引起B細胞産生抗體，當然也就檢測不到了。
檢測方法不夠精确。
檢測乙肝疫苗的抗體有很多種方法，但是方法的類型不同，精确度是不一樣的。可能這種方式檢測不出來，換一種方式就能檢測出來了，因為兩者檢測的最低值不一樣。精确度高的方法，能夠在很低的抗體濃度時，檢測出抗體的存在。
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