在第一集中,新一為了追查黑衣人,沒想到被背後的同夥集中暈倒,被灌下APTX4869後變成柯南。
工藤新一因為目擊黑衣組織的交易被發現而遭毒手,被灌下APTX4869(組織研發的藥物)後導緻身體縮小至7歲左右。新一擔心自己的事會危及周圍人的安全,而在阿笠博士的幫助下隐藏真實身份,化名江戶川柯南,寄住在與自己青梅竹馬的女友毛利蘭家中,轉學至帝丹小學一年B班,與吉田步美、圓谷光彥、小島元太成為朋友,四人組成了少年偵探團。
柯南後來住在小蘭家中,希望借助小蘭的父親毛利小五郎偵探的身份追查組織,可是小五郎卻是個“迷偵探”。柯南隻得借助自己沒有減退的推理天份幫助小五郎破案,但因為身體變小導緻辦案時不便,危險性也增加,因此阿笠博士為他發明了手表型麻醉槍和領結型變聲器等道具。
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