現在關于翼龍滅亡的原因一共有兩種普遍被人們所接受:
1、由于早期鳥類的競争最終導緻了翼龍的滅亡,到了白垩紀末期,隻有發現大型翼龍類而小型翼龍類已消失,生态位被早期鳥類取代,但是化石紀錄缺乏翼龍的現象,也可能是因為它們的骨架脆弱、難以保存所緻,而跟鳥類的生物多樣性無關;
2、由于大多數翼龍發展成依靠海洋的生活模式,所以當白垩紀末滅絕事件嚴重地影響翼龍類賴以為生的海洋動物時翼龍類也随之滅絕。
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