體外克隆目的基因方法有很多,目前用于獲得目的基因的方法有幾種,如:限制性内切酶、直接分離法、文庫篩選法、體外擴增法和人工合成法等,其中限制性内切酶法直接分離目的基因和多聚酶鍊式反應(PCR),或逆轉錄多聚酶鍊式反應(RT-PCR)體外擴增目的DNA片段是目前最常用的方法。将基因組DNA用限制性内切酶消化後插入到适當載體中,得到含有不同插入片段的克隆載體,這種克隆載體的混合物含有長短不同的基因組片段,這就是基因文庫。
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