Pubmed 是我們最常用的檢索數據庫,很多小夥伴都會用,但是能不能用好又是另外一回事了,當你用 Pubmed 進行檢索的時候,可能會得到很多文獻,上千上萬篇的文獻到底哪些是自己需要的呢?
我們常規的方法是通過增加或變化檢索詞、限制檢索條件來進行篩選,但是到底改變哪些檢索詞更有效可能很多人不清楚。
今天就給大家介紹一個工具:PubReminer
這個工具是一個 Pubmed 資料分析工具,不僅可以彙總分析 PubMed 查詢結果提高查詢效率,另外還可以為論文選擇可投期刊,查找某一研究領域的專家,并且還可以确定某一專家的研究方向。
下面跟我一起來體驗下這個工具吧:
官方網址:
https://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi
PubReminer 的檢索區域包括:檢索輸入框、條件限制、檢索結果顯示數量和基因檢索。可以在檢索框中直接輸入檢索式,如果不會自己寫,你可以利用 PubMed 的高級檢索方法,把最後得到的檢索式 Copy 到 PubReminer 中就行了。
下面舉個例子:
比如我們想找下冠狀病毒治療的相關文獻,我們在 Pubmed 高級檢索中得到下面方框中的檢索式。
我們把這個檢索式 copy 到 PubReminer 中
因為我們在 Pubmed 中已經知道有 928 篇文獻,所以顯示檢索數量可以不修改你,默認就是最多顯示 1000 篇,如果你檢索的結果超過了 1000 篇,可以在這裡修改顯示數量,最多不能超過 10000 篇。
我們點擊 Start PubReMiner,開始會有一個等待的過程,網站需要花一點時間去分析處理,等待時間有個紅框顯示。
分析完成後我們可以看到下面的結果,把文獻按照不同的條件進行了分類,如年代、雜志、作者、關鍵詞、主題詞、物質、發表形式,每一組都按照降序排列。
如果不想顯示某些條件分析的結果,可以在右邊把某些分類的勾去掉,然後點擊 Search with Manual Adjustment
通過上面的結果,我們可以看到發表雜志最多的是 Journal of Virology。
此時可以選擇相應的限制條件,如選中某些期刊,或者還可以加上某些作者,或者加上一些關鍵詞(Word),通過 Operator 下拉列表中的 AND 還是 NOT 增加檢索詞或者排除某些結果,這樣可以更能縮小檢索結果,比 PubMed 更直觀、有效。
比如這個例子我隻想看前 2 個雜志的文章,那麼勾選前面 2 個雜志,Operator 選擇 AND,點擊 Search Again
點擊後就會隻顯示這 2 個雜志的文獻分析結果,我們可以放心檢索框中的檢索式已經改變,點擊 Goto Pubmed with query 我們會回到 Pubmed 的界面。
我們在投稿時有些雜志要求作者提供審稿人,可以根據 PubReMiner 的檢索結果進行查找相關的專家。在作者一欄還可以看到發表文獻最多的作者是 ZHANG J,如果想了解一下這位作者的全部研究,勾選後點擊 Search Again,隻看其研究,然後可以點擊 Goto Pubmed with query 回到 PubMed 看到作者所有發表的相關文獻。
除了檢索文獻,PubReminer 還可以檢索基因,但是有時候比較卡,可能會出現白屏打不開的情況,你們可以自己試試。
總的來說 PubReminer 是一個不錯的分析工具,總結有以下幾個優點:
1. 幫助我們快速篩選 Pubmed 得到的結果,通過各種分類縮小範圍滿足我們的需要;
2. 可以快速掌握一個領域的研究趨勢,根據發表年代的文獻數量,看出這方面的研究是增加還是在減少,以此确定你的方向是不是研究熱點,簡直是開題神器;
3. 根據得到的雜志排名,找到發表此類文獻最多的期刊,我們投稿的時候可以選擇這些期刊;
4. 根據作者信息,可以找到此類研究最多的大牛是誰,如果想外出深造,當然首選此類大牛,出研究成果的機率也就大大的增加;
5. 免費的,随便用,這個是關鍵。
文章來源:逍遙君自習室
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