真菌是生物界中很大的一個類群，世界上已被描述的真菌約有1萬屬12萬餘種。雖然它們很早就被科學家們勉強地歸入到植物界中，但關于真菌究竟是植物還是動物的争論從來沒有停止過。

有關真菌的最早論述應追溯到公元前4世紀，著名的古希臘學者亞裡士多德，首次在自己的著作中描述了真菌的特性。大約過了300年後，著名科學家達普林尼開始把蘑菇分為可食蘑菇和有毒蘑菇兩種。然而，人們對真菌的認識，長久以來一直徘徊在十分幼稚的水平，僅僅知道它是一類沒有葉綠素、不能進行光合作用、常常依靠腐生和寄生的生物。科學家們甚至無法确定真菌究竟是植物還是動物，沒有一個人能為它下一個權威性的确切定義。

随着對真菌研究的不斷深入，許多學者紛紛對它的正确歸屬提出了各自的論點。在較早的時期，一些植物學家認為，真菌的形态雖然多種多樣，面貌各異，但都是植物組織分泌出的産物，它們就像植物身上的廢料一樣，不能劃入到生物的範疇之中，因此他們認為真菌更接近于礦物，而不是接近于植物。

在真菌的歸屬問題上，就連赫赫有名的植物分類學家林奈也感到迷茫。在相當長的一段時間中他認為真菌是動物，因為他在真菌中發現了一種與水螅相似的小動物。盡管在真菌的分類上有種種不同的看法，但大部分植物學家認為真菌是植物性的有機體。比如巴黎植物園的植物學家杜爾涅福爾認為，真菌和地衣應歸為一類，并把它們合稱為“無花無果的草藻木”。

在真菌研究的曆史上，意大利科學家密凱利首次打開了通往真菌生活史迷宮的大門。他以出色的研究證明了真菌是由十分微細的孢子來繁殖的。從此以後，人類結束了對真菌盲目猜想的階段，研究進入到一個嶄新的、更高的領域。

到了18世紀，林奈把真菌列為與藻類相鄰的另一個特殊類目。但是，就在大多數人認為真菌是植物的時候，不少植物學家又提出一個強有力的新觀點。他們認為，真菌在地球生命史的早期就已經誕生，再加上沒有葉綠素，不能自我制造食物，所以不應該屬于植物界，而應當處于與植物界、動物界相并列的第三個獨立的特殊的界——真菌界。但是，這一新觀點沒有受到同行們的支持，經過多次的激烈争論，最後還是把真菌列入植物界。這樣的情況一直持續到20世紀，以前一度被忽視了的觀點又漸漸得到了重視。1909年，俄國科學家曼萊日柯夫斯基再次提出：在動物界和植物界之外成立一個新的界，即真菌界，裡面包括細菌、藍綠藻和真菌。一時間，其他科學家對這種分類法作了許多科學上的具體論證。他們指出，這互相并列的三界在生活方式上各有特點。它們分别來自三個假設的祖先：原始的寄屍植物、原始的寄養植物、原始的動物。後來科學家們進一步提出，生物界可以分為四個界：裂殖界、真菌界、植物界、動物界。

随着科學的不斷發展，現代生物學專家們采用了最現代化的技術手段，分别從生物化學、細胞學、遺傳學等各個不同的角度來研究真菌。他們發現，真菌确實兼有植物體和動物組織的特點。但從某幾個方面看，真菌很接近動物。但是，根據真菌的生活方式，細胞中兼有細胞壁和細胞膜的特點，它們又很接近于植物。

那麼真菌究竟是植物還是動物呢？迄今為止，科學家們對這個問題依然衆說紛纭。在1975年召開的第12屆國際生物學會議上，動植物學家們又進行了廣泛深入的讨論，試圖确定真菌在生物界中的地位，但最後還是沒有得出統一的結論。不過大部分的真菌學家認為，由于真菌具有這一系列特殊的形态特征和生理性狀，它還是應該屬于與動物界、植物界并列的新的界——真菌界。

關于真菌的歸屬問題，由古至今已争論了2000多年，雖然到今天還沒有得出一個完全統一的結論，但在今後的研究中，對真菌的認識必然進一步加深，那時真菌的歸屬之謎就會迎刃而解了。

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