藍藻雖無葉綠體,但細胞質中有很多類囊體,各種光合色素均附于其上,光合作用過程在此進行。藍藻不具葉綠體、線粒體、高爾基體、内質網和液泡等細胞器,含葉綠素a,無葉綠素b,含數種葉黃素和胡蘿蔔素,還含有藻膽素。藍藻的細胞壁和細菌的細胞壁的化學組成類似,主要為粘肽,貯藏的光合産物主要為藍藻澱粉和藍藻顆粒體等。
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