沈陽藥科大學的專業有藥學、藥物制劑、藥物分析、藥學、制藥工程、環境科學、應用化學、藥物化學、中藥學、中藥資源與開發、中藥制藥、葡萄與葡萄酒工程、中藥學、生物工程、臨床藥學、生物技術制藥、生命科學與技術基地班、工商管理、市場營銷、國際貿易與經濟、藥事管理、生物醫學工程。
藥物制劑、中藥學、藥物分析、藥物化學、生物技術制藥都是特色專業,也是錄取分數線相對較高的專業。
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