脫氫反應由脂酰輔酶A脫氫酶活化,輔基為FAD,脂酰輔酶A在阿爾法和貝塔碳原子上各脫去一個氫原子生成具有反式雙鍵的阿爾法,貝塔烯脂肪酰輔酶A。加水反應由烯酰輔酶A水合酶催化,生成具有L構型的貝塔羟脂酰輔酶A。脫氫反應是在貝塔羟脂肪酰輔酶A脫饴酶輔酶為氧化型輔酶一催化下,貝塔羟脂肪酰輔酶A脫氫生成貝塔酮脂酰輔酶A。硫解反應由貝塔酮硫解酶催化,貝塔酮酯酰輔酶A在阿爾法和貝塔碳原子之間斷鍊,加上一分子輔酶A生成乙酰輔酶A和一個少兩個碳原子的脂酰輔酶A。
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