《史記》中《三皇本紀》記載着比五帝時代更早的三皇神話，而實際上司馬遷本人編寫的《史記》中并沒有《三皇本紀》。這一段是由唐代司馬貞補筆的。

正如司馬遷自身的記述，他編寫《史記》時，都是選擇确鑿可靠的内容，而不采用沒有确實的傳說。其次，關于三皇五帝的名稱，後世的儒學家們确認的結果也是各不相同的。西漢孔安國在《尚書》序中所述觀點與東漢鄭康成（即鄭玄）的觀點就是兩相對立的。唐代司馬貞則是站在了鄭康成的立場上，補寫了《三皇本紀》。但是無論哪一方的記錄，都是那一稱得上是确鑿可靠的。

唐代的儒學家們隻不過是把廣泛流傳于當時的三皇傳說進行了整理歸納而已。當時的人們開始關心起自己的祖先和人類的起源問題，傳說的體系化也可以說是這種情勢下的必然産物。

依據《三皇本紀》的記載，三皇指的是伏羲、女娲和神農。伏羲和女娲被描述成蛇身人首，神農則是人身牛首，三者都不是人，而形象更接近于神。不像是五帝那樣充滿了人性。神農即使炎帝，姓姜。周代的諸侯之中，就有出自姜姓的齊，許，呂等氏族。因此對于他們來說，作為氏族祖先的炎帝是必不可少的神。另外，炎帝姓姜據傳是因為他曾經居住在姜水之畔。姜水位于今陝西省岐山縣，這說明神農也是在渭河流域擁有着區域性的母胎。

神農氏塑像

不過根據《五帝本紀》的記述，五帝之中最初的天子黃帝是因為神農的後代子孫缺乏德行，于是才取而代之成為天子。從《史記》的結構完整性來看，是有必要詳細交代神農的來曆的。這就應該是唐代司馬貞補筆的具體原因。尤其是神農不是人身這一點尤為有趣。司馬遷不會把這樣的神話當成曆史來記錄。但是無論那種記述都說明，神農和五帝都是以渭河流域至黃河中遊地區為基礎的華夏譜系神話。

從另一方面，伏羲、女娲的形象是常見于漢代以後的畫像石以及墓葬筆畫之中的情況來看，他們作為民間信仰，是在漢代以後擁有一定的地位的。或許這就是唐代将其記為三皇的原因。在漢代的石畫像上經常刻繪有手執矩的伏羲和手執規的女娲形象。大多數石像中的兩者皆是蛇首人身，自腰至尾相互交纏。古代傳說中的伏羲和女娲是一對夫妻，因此上述石像中的刻畫正是象征交媾的具象表達。

伏羲女娲圖

而在中國西南的苗族和瑤族的傳說中，伏羲和女娲則是一對親生兄妹，但是卻結為夫妻。這是一段關于洪水的傳說。雷神發怒引發了大洪水，衆人皆死，唯有藏身于葫蘆之中的兄妹倆得以生還，于是他們結為夫妻，成為了人類再生的先祖。這跟舊約聖經中描寫的諾亞方舟的傳說，以及亞當夏娃的故事是略有相似之處。

這段傳說的流傳可以上溯到那個時代尚不得而知，漢代畫像石上的形象反映這段傳說，同時也說明這在當時已經開始流傳了。但是從圖像學的角度來看，伏羲和女娲同時出現于最早可以上溯至西漢中期的壁畫。而蛇身人首的伏羲和女娲相互交纏的圖像則最早出現于西漢末期到東漢時期。

如《三皇本紀》中所見，初期的伏羲和女娲是單獨存在的神，後來才被看做是夫妻并成為人類再生的神靈的。

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