南京大學與東南大學是南京市的雙子星985高校；雙一流A類高校；南大還是華五高校之一；東南大學在江蘇一直以第二高校的實力存在；由于曆史原因和學科設置問題；最近幾年東南大學在很多方面已經超過南大了。當然，南大總體上的實力還是在東南之上的；但是東南的辦學實力已經相當接近南大了；并且在部分高階數據上已經超過南大了。

在學科建設上；南大有有17學科進入ESI前1%學科，6個學科進入了ESI前1‰學科；東南有13學科進入了1%學科，3個學科進入了1‰學科；但是東南的工程學進入了萬分之一學科；萬分之一學科的含金量真是太高了；目前國内隻有九所高校5個學科進入了萬分之一學科，其中有7校都是工程學進入了萬分之一學科；可見我國的工程學在世界上具有很強的實力。

在第四輪學科評估中，南大有A類學科21個；其中3個A 學科，11個A學科；東南有12個A類學科，其中有5個A 學科,1個A學科。從ESI學科數量和第四輪學科評估看，南大領先東南基本靠數量取勝，在學科質量省東南已經更勝一籌了。

在近五年的國家三大獎上，作為我國頂級高校的南大，也是表現相當的乏力了；兩校把所獲國家三大獎折合成得分，南大排在國内的第19名，東南大學排在了國内第七名；在這項國内最看重的數據上，南大已經讓東大甩開了很遠。可見南大最近5-10年在科研有成果，但是與東南相比差距還是很大的。在最近五年院士增選上，東大增選成功5人，南大增選4人成功。

2021年南大在N&S上發表7篇論文，東南隻有一篇發表；在2021年全球高被引科學家數量上，南大有14次，東南有15次。最近幾年南大在重大的科研上，取得的成果相對于東大，确實有被比下去的趨勢；目前南大靠體量維持着華五高校的地位，在華五高校裡面，基本也是淪為守門員的位置了；已經沒有當年國立中央大學的風範了。

南大目前在部分高階數據上已經低于東南，其實也是與南大早年的大拆分有很大的關系，目前的東南有很多學科早年也是在南大分出來的；南大很多的優勢工科拆分出去以後，工科實力明顯受損；以至于南大優勢學科集中在文理學科上，工科有實力，但是沒有達到頂級的水平。

進入本世紀以來，随着我國社會經濟發展水平的提高，文理科高校在社會生活中的比重在降低；理工科高校影響力在社會生活中的日益提升。所以以文理學科為主的南大，最近一段時間确實發展得不順；但是以南大的實力與體量，要想在工科上崛起還是不難的，主要是轉換建校思路，在原有的文理學科上，支持工科建設，把握住現在的交叉學科和新工科的建設的契機；在理工科建設上再現王者風範。

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