棕色大熊貓，是一種極其罕見的大熊貓變種個體，大熊貓身上通常生長黑色毛的部位變成了棕褐色。截止目前為止，有科學記載以來，世界上一共僅發現過五隻棕色大熊貓，發現地點均為大熊貓重要栖息地之一的陝西秦嶺山脈核心地區。目前唯一現存的棕色大熊貓名叫“七仔”，于2009年被發現。
科學家對這種變異現象有以下幾種推測：
第一種：認為棕色大熊貓的出現可能是由于影響毛發色素合成的微量元素，在秦嶺地區的土壤、水源中含量異常，因而影響它們的毛發中的黑色素的合成。但如果是這個原因，該地區所産的大熊貓種群中似乎應該有從黑色到棕色變化的各種毛色的中間類型，但迄今為止尚未發現這樣的居間類型。
第二種：認為棕色的體毛是由于基因突變所引起的，但在自然界由于基因突變而影響毛色的現象出現的概率很低。
第三種：認為不同色的體毛是很多動物的一種原始性狀的表現，所以棕色大熊貓很可能是它們的一種返祖現象。
第四種：認為這是一種隐性基因純合的結果，假設體毛的顔色由一對基因來控制，則控制棕色體毛的基因為隐性，隻有當親本雙方同時攜帶有這種基因的時候，它們的子一代才可能出現隐性基因純合，從而生長出棕色的體毛。
第四種解釋雖然比較準确，但由于人們掌握的有關資料還很少，所以要揭開棕色大熊貓之謎，還有待于進一步的研究。此外，大熊貓變異種除了棕色大熊貓，還有一個品種是白色大熊貓。在陝西秦嶺佛坪自然保護區内也有五次發現過白色大熊貓的蹤迹。除眼圈、四肢下部外，白色大熊貓從耳朵、肩胛到整個胸脯均為白色。
棕色大熊貓、白色大熊貓都是在陝西秦嶺地區被發現，并且同屬于大熊貓的秦嶺亞種（即秦嶺大熊貓）。秦嶺大熊貓是大熊貓的重要種群，具有獨特的分布格局和種群進化史。在形态學和分子生物學等特征方面，秦嶺大熊貓與四川、甘肅的大熊貓之間有着明顯差異，是大熊貓的一個獨立亞種，被命名為大熊貓秦嶺亞種。
通過頭骨對比，四川亞種頭大牙齒小，秦嶺亞種頭小牙齒大；四川亞種頭長近似熊，秦嶺亞種頭圓更像貓。兩者的毛色差異也很突出，四川亞種胸部為深黑色，腹部為白色，下腹部毛尖黑色，毛幹為白色；而秦嶺亞種胸部為深棕色，腹部為棕色，下腹部毛尖棕色，毛幹為白色。
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