八旗是清代最具特色的一種政治體制，關外時期它既是一種軍事組織，又是一種經濟組織，并且帶有一定的私屬性。入關後，在八旗内部，依據不同的從屬關系，逐步确立了兩層關系：第一層是上三旗與下五旗的關系；第二層是内務府三旗與外八旗的關系。這裡就此兩個問題分開來講。

​一、上三旗與下五旗

清太祖努爾哈赤晚年，沿用過去的遺制，将八固山（八旗）作為家族的私産，在親近子侄中分配。領旗的旗主（和碩貝勒）享有經濟、政治上的特權。清太宗皇太極即位以後，為強化自己的統治，在八旗内增設管旗大臣，由大臣牽制八旗諸王，又陸續削奪阿敏、莽古爾泰兩大旗主，直接統轄正黃旗、鑲黃旗、正藍旗，但其餘各旗仍分别由和碩親王執掌。

順治元年（1644年），世祖福臨沖齡即位，叔父多爾衮以旗主身份攝政，實際秉執國家的最高統治。多爾衮與阿濟格、多铎是親兄弟，原領有實力雄厚的兩白旗。順治五年，多爾衮加豪格（皇太極長子）以莫須有之罪名，将其囚死獄中，并乘機将隸屬皇太極一家的正藍旗奪為己有。

多爾衮兄弟實領兩白一藍三旗，威權自專，形成對皇權的巨大壓力。兩年後，多爾衮病死，福臨親政，時年十四歲，濟爾哈朗對多爾衮一系展開反擊，迫令阿濟格自缢（此前，多铎已病死），追論多爾衮悖逆之罪，下诏追削封爵，又興起大獄，處死了多爾衮親近貴族重臣數十人。

​順治帝福臨通過這些努力，沉重打擊了宗室強藩，鞏固了皇權。他在原有兩黃旗的基礎上，又把隸屬多爾衮的正白旗劃歸己有，成為新上三旗，即正黃、鑲黃和正白三旗。從此，正式形成了上三旗與下五旗的體制。

上三旗歸皇帝親領，地位高貴，人多勢衆，構成了八旗的核心。下五旗各司其職，成為諸王、貝勒等宗親的分封之地。上三旗與下五旗的分治，是八旗制度的一次重大變革，是以皇權為代表的中央集權進一步加強的明顯标志。

康熙元年（1662年），聖祖玄烨繼位以後，陸續分封諸兄弟子侄為下五旗王公，與原有本旗王公共同管轄每一旗人丁，于是一旗中便有王公數人，不再存在一個旗主專擅一旗的局面。

康熙十八年（1679年）确定王公府屬官員名額，并規定王公府屬佐領下人在各王公門下行走。至于各王公名義上領有的旗分佐領，則歸各旗都統管理。都統掌“宣布教養、整诘戒兵，以治旗人”，直接接受皇帝令旨，各旗王公從此無權幹預旗務。

​上三旗下五旗制度，形成了正身旗人社會地位事實上的差别。上三旗守衛皇城，挑選侍衛，皇帝外出時擔任扈從，是皇帝最倚重的親軍。下五旗除守衛京城外，被大批派往各地駐防戍衛。康熙帝沖齡即位時，以索尼（正黃旗）、蘇克薩哈（正白旗）、遏必隆、鳌拜（鑲黃旗）為四輔政大臣，均出身上三旗，這說明上三旗人在參與政治方面享有優勢。

為了破除上三旗與下五旗之間的隔閡，鼓勵下五旗人為皇帝建功立業，清廷特别建立了“擡旗”制度，由“滿洲下五旗，擡入上三旗者，謂之擡旗”。其本支子孫準許一同擡旗，同胞兄弟仍隸原旗。皇太後、太後母家在下五旗者均準予擡旗。

以後，擡旗形式又趨于多樣化，上三旗漢軍可以擡入同一旗分滿洲旗。康熙母家孝康章皇後一家，佟佳氏原隸屬漢軍鑲黃旗，後擡入滿洲鑲黃旗，後族擡旗之例自此始。包衣旗人也可以撥出擡入滿洲旗。不同形式的擡旗，成為清代滿、蒙、漢軍旗人間，上三旗人與下五旗人、正身旗人與非正身旗人間成分流通的一種特殊途徑。

康熙年間，以下五旗為王公貴族的分封之地，和碩親王不再像清初那樣領有全旗，而是由皇帝從上三旗撥給十五個滿、蒙漢軍旗分佐領和包衣佐領作為私屬，親王以下諸王、貝勒，也分别領有若幹佐領。

​此舉雖然破除了旗主專擅一旗的積弊，但王公貴族仍以所得佐領為私産，在子孫中世襲。他們對所屬佐領的旗人任意差遣役使，遇有過失，動辄鎖禁，籍沒家産。下五旗旗人身為國家官屬，卻處在諸王私人支配之下。

雍正年間，滿洲都統五格，在雍正帝面前奏對時，對已經獲罪削籍的允禟，仍口口聲聲稱之為“主”。故主尚有如此淫威，足見下五旗旗人對舊日領主的人身依附關系之強。

胤禛在諸兄弟傾軋中最終奪嫡而得皇位，即位後便采取嚴厲措施對待兄弟，進一步激化了矛盾。當時親王各有五六個佐領，兵丁三四百名，六個親王所屬兵丁多至二千四百至二千五百名，加上其他若幹王公的兵丁，總數竟達四千餘名。雍正帝為鞏固地位，不遺餘力打擊諸旗王公權勢，以杜禍患。

他借口“五旗之人，竟有二主，何以仰生”，嚴禁諸王對所屬旗人擅行治罪；規定除王府護衛仍由本主升擢外，其餘官員升擢皆歸有司，諸王特權至此削弱。又禁止諸王私遣人役，需要時必須列名請旨。雍正帝通過裁抑宗藩，使自己的統治地位得以鞏固。

​從此，不但上三旗人為皇帝控制，下五旗人“雖各自有該管之主，而其心亦隻知有君上，不知有管主”。此後，盡管八旗王公仍舊享有尊崇的政治地位，經濟上領取優厚的俸祿，但對旗人已失去了昔日的權力。正身旗人不再是領主私屬，成為皇帝的旗下平民。

二、内務府包衣三旗

上三旗下五旗分治後，各旗所有的包衣随之分為兩個系統：上三旗包衣稱“内務府屬”或内府旗人，為皇家私屬，編為内務府鑲黃、正黃、正白三旗，俗稱“内三旗”，亦分滿、蒙、漢；下五旗包衣稱“王公府屬”，為各王私屬，編為府屬佐領、管領。

内三旗與八旗（指的是上面所述的外八旗）是兩個獨立的組織體系。有别于八旗佐領統屬于各旗都統，内三旗初隸屬領侍衛内大臣，康熙十三年（1674年）該歸内務府，從此終清之世不改。

内三旗的構成與外八旗有所不同。内三旗以下，各設内參領；内參領下設有内府佐領、旗鼓佐領、内管領。内府佐領，即皇家所有的滿洲佐領，成分為滿洲平民；旗鼓佐領即皇帝所有的漢人佐領。康熙朝《大清會典》中，又把“旗鼓佐領”直接寫成為“内務府漢軍佐領”。

​内管領原系家奴，在内三旗中地位最低，又稱“辛者庫牛錄”意思是“内管領下食口糧人”。編入内管領的最初都是奴仆，以後内部成分又有變化。

清朝初期，内府旗人的身份地位較低，但由于他們是皇帝奴仆和私屬，一旦為其寵信也能外放肥差、執掌重權，進而成為世家望族。内府旗人允許入學、考試、為官，旗鼓佐領下人在内務府的仕途升遷與滿洲人同，升至九卿，亦占滿缺。

《八旗滿洲氏族通譜》中，内務府旗人被列為“滿洲旗分内漢人”，在《八旗通志《中，他們被列入滿洲官員志，而八旗漢軍，則别列一門。因此，又可将内務府旗人視為八旗内部滿洲化程度最高的漢人。

内務府旗人在一定條件下可以擡旗或改旗。順治九年（1632年）議定：内務府三旗佐領、内管領下官員，有軍功勞績，奉特旨令其開出内府佐領、内管領者，各歸上三旗旗下佐領。清中葉以後，内務府旗鼓佐領下人如大學士高斌、高晉等人，皆改隸外滿洲鑲黃旗。當然，在人數衆多的内府旗人中，能有如此殊榮者，隻是鳳毛麟角。

​内務府三旗的形成，是滿洲皇族獨掌三旗，并在八旗中确立其經濟、軍事、政治絕對優勢的産物。同時，又保留着滿人早期蓄奴的殘餘。内三旗與八旗并行存在，構成了清代旗人社會組織的一大特色。

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